في الجزء الخامس وبعد مرور سبع سنوات على خبر وفاة (مايكل سكوفيلد) المزيف، يظهر من جديد في سجن أوجيجيا بصنعاء كإرهابي داعم لتنظيم داعش ويلقب نفسه ب(كانيل أوتيس)، يغامر إثنان من أصدقائه للسفر لليمن ومحاولة إرجاعه، تتزوج (سارة) زوجة (مايكل) من عميل سري كان المسؤول عن اختفاء مايكل وتزوير خبر وفاته.
لينكون يكتشف أن مايكل ما زال حيًا ومحتجزًا في سجن أوجيجيا باليمن، ويبدأ التخطيط لإنقاذه....
مايكل يعيش بهوية جديدة داخل السجن. لينكون وسوكري يصلان إلى اليمن لمساعدته، لكن الأوضاع الأمنية تسوء....
مايكل ينفذ خطة للهروب، بينما سارة في أمريكا تتعرض لتهديد من عملاء الشركة السابقين....
الفريق يواجه فوضى عارمة داخل السجن مع اندلاع الشغب، وخطة الهروب تصل إلى لحظاتها الحاسمة....
بعد الخروج من السجن، مايكل وفريقه يفرون عبر اليمن بينما الحرب تشتد، وتبدأ المطاردة....
مايكل والفريق يعبرون الصحراء للوصول إلى ملاذ آمن، لكنهم يطاردون من قبل مرتزقة مسلحين....
الهروب عبر البحر يتعطل بسبب ملاحقة الأعداء، ومايكل يكشف خطة بديلة للوصول إلى أمريكا....
مايكل يواجه بوس الأصلي للشركة، والحقيقة حول غيابه لسنوات تتكشف....
المواجهة الأخيرة. مايكل يقلب الطاولة على أعدائه، ويعود إلى عائلته بعد تصفية الحسابات....